L’Université de Victoria a constitué ONC en société à but non lucratif en 2007. Un conseil d’administration dirige l’organisme et supervise ONC Society. Le président-directeur général d’ONC rend compte au conseil d’administration. Le Comité consultatif scientifique international donne des conseils stratégiques à ONC dans le contexte des développements internationaux en matière de recherche océanographique. Le Conseil des observatoires océaniques comprend des groupes de travail qui représentent les intérêts des principaux utilisateurs scientifiques d’ONC.